Martin Ehlbeck studierte Kirchenmusik und Schulmusik in Hannover und Hamburg. Nach seinem Studium war er zunächst als Kirchenmusiker an der Kieler St. Nikolai-Kirche tätig, bevor er 1987 als Kreiskantor und Organist an die Herrenhäuser Kirche in Hannover wechselte. 
Er hat die Kantorei Herrenhausen zu einem namhaften Chor in Hannover gemacht, der große Beachtung findet. Neben Chor- und Orchesterleitung setzt er sich als Organist verstärkt für die neue Musik ein und konzertiert auch im Ausland.
 Seit 1995 ist er Orgelsachverständiger der Hannoverschen Landeskirche.
1998 produzierte Martin Ehlbeck in der Herrenhäuser Kirche das Requiem von Gabriel Fauré als modernes Tanztheater sowie im Expo-Jahr 2000 die Matthäuspassion von Johann Sebastian Bach als szenische Aufführung.

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